Die Prämierungsfeier findet während der Zeit der Ausstellung in einem der Hörsäle der Universität/PH Luzern statt. Die festliche Zeremonie wird in der Regel an einem Abend abgehalten. Aus Platzgründen werden die Gäste durch die Projektleitung (oder die teilnehmende Schule) eingeladen. An der Feier werden die besten Arbeiten folgender Kategorien mit einem Preis prämiert:
- Naturwissenschaften
- Physik, Mathematik, Informatik und Technik
- Geisteswissenschaften, Literatur, Linguistik und Fremdsprachen
- Sozialwissenschaften
- Bildende Künste, Musik und Theater
Ebenfalls während der Prämierungsfeier schlägt die Stiftung „Schweizer Jugend forscht“ unabhängig von einer Prämierung geeignete Arbeiten für ihren nationalen Wettbewerb vor.